| 1873 | Miscellanées mycologiques et herborisation à Hauteville (Ain) | Association typographique Regard | 16 |
| 1874 | Notes sur une nouvelle localité du "Carex brevicollis", découverte par M. Chenevière, à Tenay (Ain) et sur l'invasion du "Puccinia malvacearum" dans le Jura et les environs de Lyon, par Ant. Magnin,... | Association typographique | 9 |
| 1875 | Aperçu de la végétation des environs de Gap, par M. Ant. Magnin,... | impr. de Riotor | 12 |
| 1875 | Observation médicale. Artériectasie aortique. Diabète sucré avec tumeur cérébrale. Le champignon des mauves. Par Ant. Magnin,... | impr. de C. Riotor | 16 |
| 1875 | Rapport de M. Antoine Magnin sur l'herborisation faite le 24 juillet au col de Glaize | impr. de E. Martinet | — |
| 1875 | Étude sur la flore du marais tourbeux du Lyonnais par M. A. Magnin (Lyon, juillet 1874) | Martinet | — |
| 1876 | Recherches géologiques botaniques et statistiques sur l'impaludisme dans la Dombes et le miasme paludéen | impr. de A. Parent | 124 |
| 1876 | Recherches géologiques, botaniques et statistiques sur l'impaludisme dans la Dombes et le miasme paludéen | V. Adrien Delahaye et Cie | 120 |
| 1876 | Société botanique de France. Compte rendu de la session d'Angers (21-27 juillet 1875), par M. Ant. Magnin,... | impr. de Riotor | 8 |
| 1876 | Sur les mousses et les lichens de la partie supérieure de la vallée de l'Ubaye (Basses-Alpes), par M. Antoine Magnin | — | — |
| 1877 | Les Lichens utiles, par le Dr Ant. Magnin | Mégret | 27 |
| 1877 | Lichens de la vallée de l'Ubaye (Basses-Alpes), par le Dr Ant. Magnin,... | impr. de C. Riotor | 16 |
| 1877 | Rapport de M. Ant. Magnin sur la visite faite par la Société [botanique de France] au Muséum d'histoire naturelle de Lyon | impr. de E. Martinet | — |
| 1877 | Résumé des principaux travaux publiés sur les plantes carnivores, par le Dr Ant. Magnin... | Mégret | 19 |
| 1877 | Végétation du rebord méridional de la Dombes, par le Dr Ant. Magnin... | impr. de C. Riotor | 7 |
| 1878 | Les bactéries | — | 182 |
| 1878 | Note sur l'habitat normal d'un coprin, par M. Ant. Magnin | Martinet | — |
| 1878 | Notes sur la tératologie des saules, l'habitat anormal d'un coprin et la fécondation croisée et directe dans le règne végétal, par le Dr Ant. Magnin | impr. de C. Riotor | 15 |
| 1879 | Faculté des sciences de Montpellier. Thèse pour le doctorat ès sciences naturelles, présentée... par Antoine Magnin,... Recherches sur la géographie botanique du Lyonnais... | impr. de Pitrat aîné | 166 |
| 1879 | La Botanique phytostatique à Lyon. | impr. Storck | 4 |
| 1879 | Observations sur la flore du Lyonnais | Société botanique | — |
| 1879 | Rapport à M. le ministre de l'Agriculture et du commerce sur les travaux du Comité d'études et de vigilance pour la destruction du phylloxéra dans le département du Rhône pendant l'année 1879, et sur la situation phylloxérique de ce département. | impr. de L. Bourgeon | 24 |
| 1879 | Recherches sur la géographie botanique du Lyonnais, par Antoine Magnin... Bas-plateaux lyonnais ; côtière méridionale de la Dombes... | J.-B. Baillière | 164 |
| 1881 | Excursion botanique dans les monts du Lyonnais, par le Dr Ant. Magnin,.. | impr. de T. Giraud | 11 |
| 1882 | Distribution géographique du "Pulmonaria affinis", par le Dr Ant. Magnin,... | Association typographique | 3 |
| 1882 | Origines de la flore lyonnaise, ses modifications dans les temps géologiques et depuis la période historique, par le Dr Ant. Magnin,... | impr. de Pitrat aîné | 28 |
| 1882 | Titres et travaux scientifiques du Dr Ant. Magnin,... | impr. de L. Bourgeon | 36 |
| 1883 | Fragments lichénologiques, par le Dr Ant. Magnin,... | Association typographique | — |
| 1885 | Claret de La Tourrette, sa vie, ses travaux, ses recherches sur les lichens du Lyonnais, d'après ses ouvrages et les notes inédites de son herbier | J.-B. Baillière fils | 233 |
| 1885 | Dr Ant. Magnin. Végétation du Lyonnais | imp. Courbis | — |
| 1885 | Géographie de l'Ain | Impr. centrale | 344 |
| 1885 | Les botanistes lyonnais | J.-B. Baillière fils | — |
| 1886 | La végétation de la région lyonnaise et de la partie moyenne du bassin du Rhône ou Description topographique, géologique et botanique des régions du Lyonnais... | H. Georg | 513 |
| 1887 | Compte rendu de la session d'été tenue dans le Doubs [par la Société mycologique] les 12, 13 et 14 juin 1886, par le Dr Ant. Magnin,... | impr. de G. Gottez | 19 |
| 1887 | Note sur la flore des environs d'Arbois, par le Dr Ant. Magnin,... | Association typographique | 14 |
| 1887 | Quelques remarques sur la "Description du Mont-Pilat" de J. Du Choul et la traduction de cet ouvrage par Mulsant | Association typographique | 8 |
| 1887 | Énumération des plantes qui croissent dans le Beaujolais | H. Georg | 124 |
| 1888 | Commission météorologique du département du Doubs. Rapport sur la réorganisation du service, précédé de l'historique des observations faites antérieurement dans la région, par Ant. Magnin,... | impr. de Millot frères | 28 |
| 1889 | Recherches sur l'histoire des plantes de l'Europe connue sous le nom de Petit Bauhin, et documents nouveaux sur la famille de Jussieu | Association typographique | 20 |
| 1889 | Recherches sur le polymorphisme floral, la sexualité et l'hermaphrodisme parasitaire du "Lychnis vespertina" Sbtp., par le Dr Ant. Magnin,... | Association typographique | 31 |
| 1890 | De la Répartition de certains noms géographiques dans le département de l'Ain et l'est de la France, notamment des noms de lieux terminés en "iat, ieu, ex" et "y", par le Dr Ant. Magnin,... | Georg | 16 |
| 1890 | De la Répartition de certains noms géographiques dans le département de l'Ain et l'est de la France, notamment les noms de lieux terminés en iat, ieu, eins, ex et y | Georg | 16 |
| 1890 | Notices sur G. Nicodemi et G. Dejean, anciens directeurs du Jardin botanique | Librairie générale Henri Georg | 27 |
| 1890 | Quelques rectifications, par le Dr Ant. Magnin | Association typographique | 4 |
| 1891 | Observations sur le parasitisme et la castration chez les anémones et les euphorbes, par Ant. Magnin | G. Carré | — |
| 1891 | Sixième note sur la castration parasitaire, principalement sur la castration androgène du "Muscari comosum" | H. Georg | 11 |
| 1893 | Additions à la biographie de G. Nicodemi, ancien directeur du jardin botanique de Lyon | Association typographique | 4 |
| 1894 | Analyse de la thèse de doctorat ès sciences de M. Parmentier et rapport sur son mémoire | impr. de Dodivers | 4 |
| 1894 | Observations sur la Flore du Jura et du Lyonnais,... par Ant. Magnin et Fr. Hétier | impr. de Dodivers | 282 |
| 1895 | Additions à la biographie de G. Nicodemi... | Sans nom d'éditeur (s. n.) | 4 |
| 1900 | Notes de botanique... | impr. de Dodivers | — |
| 1902 | Et N° 1 à 20 (1re et 2e années) | Sans nom d'éditeur (s. n.) | 107 |
| 1902 | L'hydrographie souterraine | H. Georg | 31 |
| 1902 | La végétation des lacs du Jura | — | 236 |
| 1902 | Notes sur les jardins botaniques de Montbéliard, d'Etupes et de Porrentruy, par le Dr Ant. Magnin | Impr. montbéliardaise | 8 |
| 1903 | Le Dr J. Faney, président de la Société d'histoire naturelle du Doubs, chef de clinique obstétricale à l'École de médecine de Besançon, 1870-1902 | impr. de Dodivers | — |
| 1903 | Rapport de M. Magnin, doyen de la Faculté des sciences [de Besançon] | — | — |
| 1903 | Recherches complémentaires sur les lacs du Jura (1894-1901), par M. le Dr Ant. Magnin,... | impr. nationale | 7 |
| 1903 | Sur la propagation des eaux souterraines, par E. Fournier et A. Magnin. - Note sur la vitesse des eaux souterraines, par E. Fournier et A. Magnin | — | — |
| 1903 | Sur la vitesse d'écoulement des eaux souterraines, par MM. E. Fournier et A. Magnin | Gauthier-Villars | 3 |
| 1904 | La végétation des lacs du Jura. Monographies botaniques de 74 lacs jurassiens, suivies de considérations générales sur la flore lacustre | Klincksieck | 426 |
| 1904 | Rapports du sol et de la flore | impr. de Dodivers | 36 |
| 1905 | Aperçu des recherches d'histoire naturelle à entreprendre dans le massif du Jura, particulièrement dans le département du Doubs, par le Dr Ant. Magnin,... | impr. de Dodivers | 24 |
| 1905 | Les Rouilles des céréales et leur développement dans ses rapports avec les conditions extérieures et la réceptivité, par Ant. Magnin,... | Institut botanique | 35 |
| 1906 | La Société d'émulation du Doubs en 1906, discours d'ouverture de la séance publique du jeudi 20 décembre, par M. le Dr Magnin,... | impr. de Dodivers | 14 |
| 1906 | Le Dr Diétrich, vice-président de la Société d'histoire naturelle du Doubs, chef des travaux de physiologie à l'École de médecine, chargé d'un cours libre d'hygiène à la Faculté des sciences, secrétaire du Conseil d'hygiène du Doubs, 1871-1905. Notice biographique | impr. de Dodivers | 14 |
| 1906 | Les Amours de la Vallisnérie, science et poésie, l'évolution il y a 4,000 ans, conférence faite à la Société d'émulation du Doubs, dans sa séance publique du 14 décembre 1905 | impr. de Dodivers | 20 |
| 1906 | Prodrome d'une Histoire des botanistes lyonnais | Association typographique | 140 |
| 1906 | Sur les espèces biaréales jurassiennes, par le Dr Ant. Magnin | impr. de Dodivers | 6 |
| 1907 | Du Rôle des naturalistes dans la fondation et le développement de la Société d'émulation du Doubs, par M. le Dr Ant. Magnin,... | impr. de Dodivers | 6 |
| 1907 | J.-F. Bailly et ses observations botaniques (1779-1832) | Institut botanique | 27 |
| 1907 | Les Fruits vénéreux de la flore locale. | — | 5 |
| 1908 | Le Dr Ferréol Carrey, médecin-major, membre de la Société d'histoire naturelle du Doubs, 1872-1906. Notice biographique | Institut botanique | 11 |
| 1908 | Les empoisonnements par les champignons comestibles ou vénéneux | Institut botanique | 35 |
| 1909 | Dr Ant. Magnin, professeur à la Faculté des sciences et à l'École de médecine de Besançon IV | Institut botanique | 39 |
| 1909 | Dr Ant. Magnin, professeur à la Faculté des sciences et à l'École de médecine de Besançon VI | [Antoine Magnin] | 39 |
| 1909 | Georges Sire, membre correspondant de l'Institut, ancien président de la Société d'émulation du Doubs | impr. de Dodivers | 20 |
| 1909 | Observations sur les sources intermittentes des Monts-Jura, par Ant. Magnin,... | impr. de Dodivers | 66 |
| 1910 | Institut botanique de Besancon. Les Études mycologiques à Besançon. L'Office mycologique et le service de détermination des champignons, par le Dr Ant. Magnin,... | impr. de Dodivers | 20 |
| 1910 | P.-J. Proudhon et la Franc-maçonnerie | C. Rambaud | 22 |
| 1911 | Additions et corrections au Prodrome des botanistes lyonnais 2e série | A. Rey | 68 |
| 1911 | Charles Nodier naturaliste ; ses oeuvres d'histoire naturelle publiées et inédites. Préface de M. E.-L. Bouvier,... | A. Hermann et fils | 347 |
| 1911 | Dr Ant. Magnin, professeur à l'Université de Besançon III | [Antoine Magnin] | 63 |
| 1912 | Hommage rendu à Frédéric Bataille, ancien professeur au Lycée Michelet, par la Société d'histoire naturelle du Doubs, ses amis et ses admirateurs, à l'occasion de sa nomination dans la Légion d'honneur (30 décembre 1911). [Discours prononcés par MM. Rivet, Albert Mathieu et Magnin.] | J. Millot | 8 |
| 1912 | Observations sur l'hétérostylie et les hybrides des primevères. L'Office mycologique en 1911. Notes diverses de botanique... | Institut botanique | 22 |
| 1912 | Sur les espèces biaréales jurassiennes et un mode de représentation de leur distribution géographique | — | 2 |
| 1913 | Dr Ant. Magnin, professeur... | [Antoine Magnin] | — |
| 1913 | Historique de la Société d'histoire naturelle du Doubs, et services qu'elle a rendus depuis sa fondation, 1899-1912. Rapport du Dr Ant. Magnin | impr. de Dodivers | 15 |
| 1913 | Les Lortet, botanistes lyonnais, particulièrement Clémence, Pierre et Louis Lortet, et le botaniste Roffavier, par Ant. Magnin,... | A. Rey | — |
| 1913 | Xavier Vendrely, botaniste franc-comtois | Sans nom d'éditeur (s. n.) | 8 |
| 1913 | [Docteur Antoine Magnin, professeur...] [V] | Université de Besançon | — |
| 1914 | Le Dr Louis Coste, bibliothécaire de la ville de Salins (1835-1913)... | impr. de Dodivers | 11 |
| 1916 | Olivier Ordinaire (1845-1914), notice biographique | Institut botanique | 8 |
| 1918 | Notices biographiques sur les botanistes jurassiens Charles Blind et Paul-Antoine Charbonnel | Institut botanique | 8 |
| 1923 | Notes sur la botanique à Besançon, de 1691 à 1920, par le Dr Antoine Magnin,... | impr. de Dodivers | 75 |